Мешки вносят в шампиньонницу вручную или доставляют их на тележке. В зависимости от конкретных условий каждый мешок подготавливают или перед шампиньонницей, или на месте его установки.

В последний раз оформляют субстрат в мешке, поверхность его выравнивают и уплотняют ладонью у стенок мешка вручную, расправляют пленку, чтобы не осталось воздушного пространства между нею и субстратом.

Важное значение имеет расстояние от термической камеры до шампиньонницы. Если после посадки мицелия и наполнения мешков субстратом их переносят в шампиньонницу, то субстрат в них обычно несплющенный и равномерно уплотнен, что значительно облегчает дооформление его поверхности в шампиньоннице.

Если мешки доставляют грузовым транспортом от камеры, расположенной в нескольких километрах от шампиньонницы (особенно без поддонов), то субстрат в мешках сильно деформируется и его часто необходимо дополнительно разравнивать и оформлять в шампиньоннице.

Несмотря на то что при использовании мешков из полимерной пленки улучшаются санитарные условия, тем не менее грибовод постоянно должен поддерживать чистоту и порядок в шампиньоннице. Большая часть болезней шампиньона распространяется с помощью спор, которые вместе с пылинками от старого субстрата прилипают к стенам, потолку, полу и стеллажным конструкциям в шампиньоннице. Если их не удалить с этих мест до загрузки нового субстрата, они попадут на него или на покровный материал, и чем раньше это произойдет, тем более значительными будут потери нового урожая. Поэтому перед каждым новым циклом всю шампиньонницу, включая стеллажи, обильно моют водой при температуре выше 15 °С и обрабатывают формалином.